Родился 19 марта 1956 в Москве. Внук известного советского писателя Аркадия Гайдара (Голикова), сын контр-адмирала, писателя Тимура Гайдара; по матери - внук писателя Павла Бажова.

В 1978 окончил экономический факультет МГУ им. М. В. Ломоносова. В 1980 окончил аспирантуру МГУ под научным руководством академика Станислава Шаталина. Доктор экономических наук.

В 1980 - 85 работал во ВНИИ системных исследований АН СССР, в 1986 - 87 - ведущий научный сотрудник Института экономики и прогнозирования научно-технического прогресса АН СССР. С 1990 - редактор отдела экономической политики газеты "Правда".

Весной 1991 стал директором созданного по его инициативе Института экономической политики при Академии народного хозяйства СССР.

С ноября 1991 - заместитель Председателя Правительства РФ по вопросам экономической политики, министр экономики (до февраля 1992) и финансов в Правительстве.

В конце ноября 1991 изложил план первоочередных действий российского Правительства по стабилизации экономического положения.

2 марта 1992 был назначен первым заместителем Председателя Правительства. 2 апреля 1992 был освобожден от должности министра финансов России. 13 апреля Гайдар заявил об отставке Правительства. 16 июня 1992 был назначен и. о. Председателя Правительства России.

В декабре 1992 VII Съездом народных депутатов Гайдар не был утвержден на посту Председателя Совета Министров. С декабря 1992 - директор Института экономики переходного периода (ИЭПП) и консультант Президента РФ по вопросам экономической политики.

С апреля 1993 - президент Всероссийской ассоциации приватизируемых и частных предприятий. С 18 сентября 1993 по январь 1994 - министр экономики и первый заместитель Председателя Правительства.

После начала беспорядков в Москве выступил по телевидению в ночь с 3 на 4 октября 1993, призвав москвичей выйти к Моссовету на защиту демократии. 12 декабря 1993 был избран депутатом Государственной Думы РФ первого созыва.

Член политсовета движения "Выбор России". Председатель партии "Демократический выбор России".

В январе 1996 вышел из Президентского совета в связи с событиями в г. Кизляре и с. Первомайском.

С 1 августа 1997 - член Научного совета Совета безопасности РФ. 7 июня 1999был введен в состав Экспертного совета при Правительстве РФ. 19 декабря 1999был избран депутатом Государственной Думы РФ третьего созыва. В Государственной Думе в январе 2000 зарегистрировался в депутатской фракции "Союз правых сил". С 28 января 2000 - член Комитета Государственной Думы по бюджету и налогам. С 20 мая 2000 - сопредседатель СПС.

Является председателем Учредительного совета Международного центра исследований экономических реформ.

В 1990 выпустил монографию "Экономические реформы и иерархические структуры". Владел английским, испанским и сербскохорватским языками.

16 декабря 2009 года Егор Гайдар скоропостижно скончался у себя дома в 4 утра в результате оторвавшегося тромба. Известному экономисту и политику было 54 года.